1949年4月23日，百万雄师渡过长江，南京解放。同年6月2日，江苏全境解放。江苏全境解放后，分别设立直辖于华东军政委员会的南京市和具有省级行政区功能的苏南、苏北行政公署区。与此同时，苏北行署文教处、苏南行署教育处和南京市教育局也分别设立，承担辖区内各级各类教育的接管和改造，组织进行一系列教育改革。

1953年1月1日，南京市和苏南行署区、苏北行署区合并为江苏省。第二天，江苏省教育厅宣告成立，吴贻芳任厅长，齐健秋、陶白为副厅长。当时，省教育厅行政编制111人，其中干部100人、公勤员11人，事业编制9人，合计120人。

省教育厅成立后，统一领导南京和苏南、苏北3区的教育机构，下设10个部门，分别是办公室、高等教育科、中等教育科、初等教育科、师范教育科、工农教育科、人事科、计划科、财务科和《江苏教育》编辑部。10个部门分工明确，各司其职。办公室主要协助厅长组织实施、检查督促全厅工作，办理机要、拟稿、核稿等事宜。高等教育科、中等教育科和初等教育科，分别主管高校、中学和小学的行政和教学工作。师范教育科主管全省中等师范学校的设置、招生、行政、教学工作，工农教育科主管全省农民、职工、干部、市民和青少年业余学校的教育行政、教学业务等工作。此外，人事科负责人事管理等工作，计划科负责年度计划和长期计划等工作，财务科则主管全省教育经费和省直属单位经费等工作。作为省教育厅喉舌，《江苏教育》编辑部负责编辑出版机关刊物《江苏教育》半月刊。

1956年4月，根据国务院决定，江苏成立高教局，与教育厅并列，分管高等教育和中等技术专业教育。1959年，省高教局又改为省高教厅。两年后，高教厅与教育厅合并组建成新的江苏省教育厅。