水安全问题是关系国家经济社会发展的全局性、战略性问题。2012年，水安全与水科学协同创新中心由河海大学牵头，协同清华大学、两家水利行业顶尖研究院和两家央企共同组建，于2018年获批为首批省部共建协同创新中心。

二期建设期，中心新增重大科研项目204项、科研创新平台9个，相关研究覆盖了长江经济带几乎所有重大国家战略，获国家科技进步特等奖1项、二等奖6项，并主持编制修订《水工混凝土结构耐久性评定规范》等18部标准，为国家172项重大水利工程提供关键技术支撑。中心学科发展顶层设计能力、重大项目承担能力和服务国家需求能力显著提升，为国家社会经济可持续发展做出突出贡献。

近年来，中心围绕国家水安全保障重大需求，创建多元科研组织模式，成立长江保护与绿色发展研究院、太湖流域水科学研究院，新建长江、淮河流域气象、水文、水质、水生态、地理信息数据库、国家水库大坝数据库等，实现流域基础数据、水工程建设运行资料融合共享。2017年，中心设立“一带一路”水与可持续发展基金，2018—2020年共资助项目73项，引领我国与“一带一路”沿线国家地区在水安全、水科学领域的合作研究。

中心团队负责人唐洪武教授等主持国家自然科学基金委战略研究项目“水利科学与海洋工程学科发展战略研究”。中心主任张建云院士提出的“如何优化变化环境下我国水资源承载力，实现健康的区域水平衡状态”入选中国科协2020年十大前沿科学问题。中心还主持编制“2021—2035年国家中长期科技发展规划资源领域战略研究”，牵头负责“十三五”国家重点研发计划“水资源高效开发利用”重点专项的顶层设计、实施方案等，规划我国未来15年水资源领域科技发展路线图。

同时，中心服务国家水生态文明科学发展，主编《河湖健康评价指南（试行）2020》以及近30%的国家水生态文明建设试点城市实施方案。在2020年中国南方洪涝灾害防御中，中心开发的云平台为防汛部门提供预报预警与应急保障，提出的洪水预报调度技术为科学调度决策做出了重要贡献。为对接中央《关于全面推行河长制的意见（2017）》，中心成立国内首家“河长制研究与培训中心”，为中组部、水利部、江苏省等培训各级河长2万多人。中心还建设水文化与水科学数字博物馆，为全国水利系统举办水文化、水知识讲座，培训1万多人次。