肿瘤个体化医学协同创新中心由南京医科大学牵头组建，整合省内优质医疗资源，联合哈佛大学、杜克大学、中国医学科学院肿瘤医院等国内外著名高校院所，协同博奥晶典、先声药业、世和生物、医渡云等国内一流企业，集“基础研究—医药研发—人群预防—临床诊疗”于一体。

第二建设期，中心积极推行以“全职与兼职双聘相结合”和“固定与流动相结合”为特色的人事管理制度改革，采取“竞争性选拔投入与持续稳定投入相结合”的资源配置模式，开展跨国跨平台合作交流，营造鼓励创新的文化氛围，激发科研人员的创新激情，取得了一系列建设成果。

中心以肿瘤个体化预防诊治为核心突破口，在肿瘤个体化预防与诊疗、肿瘤个体化生物学基础研究和个体化干预产品研发方面开展工作，承担省部级以上科研任务341项，发表SCI论文989篇，获国家自然科学二等奖1项、国家科技进步二等奖1项，起草并实施基因检测国家和企业技术标准7项；启动中青年领军、青年拔尖人才培养专项计划，通过“内培外引”打造肿瘤个体化医学人才高地，在沈洪兵院士牵头的“肿瘤异质性的遗传基础”国家创新研究群体基础上，又组建“肿瘤的分子变异与微环境”国家基础科学中心，形成两大国家级创新研究团队，现有两院院士3人，国家杰出青年、长江学者6人。

建设过程中，中心还取得一系列标志性成果，在肿瘤“个体化预防”领域基础理论和关键技术方面取得重大突破，形成我国肿瘤个体化防控新体系。中心绘制中国人群高发特发恶性肿瘤遗传学图谱，揭示遗传决定肿瘤易感性的生物学基础，推动肿瘤遗传病因论的发展；建立肿瘤高危人群识别新技术，开启肿瘤“个体化预防”新篇章；制定我国肿瘤个体化防控新体系，形成肿瘤筛查与早诊早治一体化协同模式；开展以分子分型为导向的肿瘤“个体化诊疗”关键技术临床应用，研发靶向原研药和个体化检测产品，孵育本土“独角兽”企业；确定驱动多肿瘤发生的关键通路核心分子及机制，为个体化诊断提供新视角，前后期融合研发靶向原研药，推进肿瘤“个体化检测”领域技术创新和应用转化。